Theo phân loại theo loại hình kinh tế, các tổ chức KH&CN ngoài nhà nước chiếm phần lớn, đạt 74,4%, trong khi các tổ chức KH&CN thuộc nhà nước chiếm 25,3%. Ngoài ra, có một tổ chức KH&CN có vốn đầu tư nước ngoài.

Xét theo cấp quyết định thành lập, có bốn tổ chức KH&CN được Thủ tướng Chính phủ quyết định thành lập, bao gồm: Học viện Cán bộ TP.HCM, Trường Đại học Sài Gòn, Trường Đại học Y khoa Phạm Ngọc Thạch và Trường Cao đẳng Văn hóa Nghệ thuật TP.HCM. Còn 21 tổ chức KH&CN được UBND TP.HCM thành lập, ví dụ như Viện Nghiên cứu Phát triển TP.HCM, Trung tâm Công nghệ Sinh học thuộc Sở Nông nghiệp và Phát triển Nông thôn TP.HCM, Trung tâm Nghiên cứu và Phát triển Nông nghiệp Công nghệ cao thuộc Ban Quản lý Khu Nông nghiệp Công nghệ cao. Thêm vào đó, có 33 tổ chức KH&CN được thành lập bởi các hội, hiệp hội, liên hiệp hội và 327 tổ chức KH&CN do các đơn vị khác như các trường đại học, cao đẳng, viện nghiên cứu, trung tâm, doanh nghiệp và cá nhân tự thành lập.

Về loại hình tổ chức, tổ chức nghiên cứu và phát triển chiếm tỷ lệ cao nhất với 49,9%, tiếp theo là các tổ chức dịch vụ KH&CN, chiếm 46,7%. Các trường đại học, cao đẳng do TP.HCM quản lý trực tiếp chiếm 3,4%.

Về lĩnh vực hoạt động, 48,6% các tổ chức KH&CN tập trung vào khoa học kỹ thuật và công nghệ, tiếp theo là lĩnh vực khoa học xã hội với 29,2%, trong khi khoa học nhân văn có tỷ lệ thấp nhất, chỉ 1,8%.